エージェント経由が良いです。
セブ島を扱う留学エージェントのほとんどが無料エージェントです。つまり、自分で現地の学校に直接申し込むのと金額が変わらないエージェントがほとんどで、万が一のトラブルの際は間に入ってもらえたり、エージェントによっては英会話など無料の特典が付く場合があります。また、セブ島について精通しているエージェントだと、ネットで調べても分からない情報を教えてくれるので、自分に合う学校も選びやすくなります。
しかし、数は多くありませんが、別途手配料が発生するエージェントもあります。セブ島にあるほとんどの学校には日本人スタッフがおり、手配も難しくなく、現地でのサポートも心配ありません。そのため、セブ島留学に限って言えば、有料エージェントを利用するメリットはほとんどありません。セブ島留学は無料のエージェントを経由することをおすすめします。